Aristoteles, Assos'ta kaldığı süre içerisinde, zaman zaman dostu Teofrastos'un memleketi olan Mytilen'e gitmiştir. Bu seyahatlar, Aristoteles'in gözlemler yapması ve kendisini yetiştirmesi açısından çok yararlı olmuştur. Bu sıralarda II. Philip, oğlu İskender için iyi bir öğretmen aramaktaydı ve Assos'taki okulun yöneticisi olan Aristoteles, yavaş yavaş dikkatini çekmeye başlamıştı. Görev, Aristoteles'e önerildi ve o da bu öneriyi seve seve kabul ederek, II. Filip'in oturmakta olduğu Pella'ya gitti. Aristoteles'in öğretmenliği, 343 yılından 340 yılına kadar sürdü. İskender, 336'da babası ölünce, onun yerine geçti ve eski öğretmeni Aristoteles'i danışman olarak atadı. Daha sonra İskender Yunanistan'daki ve Balkanlar'daki ayaklanmaları bastırmak üzere harekete geçince, Aristoteles, onu bırakarak, büyük idealini gerçekleştirmek amacıyla, yani yeni bir okul kurmak amacıyla Atina'ya döndü. İskender'in M.Ö. 323 yılında ölmesi, Aristoteles'i çok güç bir durumda bırakmıştı; çünkü Lise'nin kurulması sırasında İskender'in yapmış olduğu yardımlar ve Hermenias için yazmış olduğu zafer türküsü, Atina'daki düşmanları tarafından hatırlanmıştı. Aristoteles, dinsizlikle suçlandı ve Atinalıların, Sokrates'i ölüme mahkum etmekle işlemiş oldukları suçu yinelememeleri için Chalcis'e kaçtı ve orada yakalanmış olduğu bir hastalık sonucunda M.Ö. 322 yılında öldü. Aristoteles'in hiçbir resmi kalmamıştır. Diogenes'e göre, ince bacaklı ve küçük gözlüymüş. Viyana'daki Sanat Tarihi Müzesi'nde sergilenmekte olan mermer başın Aristoteles'e ait olduğu iddia edilmekteyse de, bunu kanıtlayacak herhangi bir ipucu yoktur. Aristoteles, İskender'i bırakarak Atina'ya döndüğünde, oradaki dostlarıyla buluşmuştu; ama aradan 20 yıl geçmiş olduğu için, artık eski okuluna dönemezdi. Başka bir okul kurmaya karar verdi ve bu maksatla kentin batısında bulunan ve Apollon Lyceios'un (Kurt Tanrı) anısına ayrılmış olan ormanlık alanı seçti. İşte bugün de kullanmakta olduğumuz Lise adı, bu Lyceios'tan gelmektedir. Lise'de eğitim ve öğretimin nasıl yapıldığına ilişkin kesin bir bilgiye sahip değiliz; ancak bazı kaynakların bildirdiğine göre, sabahları yeni başlayanlara, akşamları ise geniş halk kitlelerine dersler verilmekteymiş. Akademi ve Lise, aslında felsefe öğretimi veren okullardı. Ancak Akademi, daha çok metafiziğe ve bu arada ahlak ve siyaset gibi konulara yönelmişti. Lise'de ise araştırmalar, Aristoteles'in daha çok mantık ve bilimlerle ilgilenmesi nedeniyle, bu alanlarda yoğunlaşmıştı. Aristoteles 13 yıl boyunca Lise'nin yöneticiliğini yaptı ve ölümünden sonra yerine arkadaşı Teofrastos geçti. Teofrastos, 37 yıl bu okulun yöneticiliğini üstlendi ve yapmış olduğu yeni düzenlemelerle Lise'yi kurumsallaştırmayı başardı; ancak Lise, Akademi kadar uzun ömürlü olamadı. Aristoteles'in matematik bilgisi araştırmalarına yeterli olacak düzeydeydi; bilimleri matematik, fizik ve metafizik olarak üç bölüme ayırırken, Platon gibi, matematiğe - yani aritmetik, geometri, astronomi ve müzik bilimlerine - bir öncelik tanımıştı; ancak uygulamalı matematikle ilgilenmiyordu. "Eşit şeylerden eşit şeyler çıkarılırsa, kalanlar eşittir." veya "Bir şey aynı anda hem var hem de yok olamaz (üçüncü durumun olanaksızlığı ilkesi)" gibi aksiyomların bütün bilimler için ortak olduğunu, postülaların ise sadece belirli bir bilimin kuruluşunda görev yaptığını söyleyerek, aksiyom ile postüla arasındaki farklılığa işaret etmişti. Aristoteles'in, süreklilik ve sonsuzluk hakkında yapmış olduğu temkinli tartışmalar, matematik tarihi açısından oldukça önemlidir. Sonsuzluğun gerçek olarak değil, gizil olarak varolduğunu kabul etmiştir. Bu temel sorunlar üzerindeki görüşleri, daha sonra Archimedes ve Apollonios tarafından yeniden işlenip değerlendirilecektir.
Aristoteles, astronomiye ilişkin görüşlerini Fizik ve Metafizik adlı eserlerinde açıklamıştır; bunun nedeni, astronomi ile fiziği birbirinden ayırmanın olanaksız olduğunu düşünmesidir. Aristoteles'e göre, küre en mükemmel biçim olduğu için, evren küreseldir ve bir kürenin merkezi olduğu için evren sonludur. Yer evrenin merkezinde bulunur ve bu yüzden, evrenin merkezi aynı zamanda Yer'in de merkezidir. Bir tek evren vardır ve bu evren her yeri doldurur; bu nedenle evren-ötesi veya evren-dışı yoktur. Ay, Güneş ve gezegenlerin devinimlerini anlamlandırmak için Eudoxos'un ortak merkezli küreler sistemini kabul etmiştir. Acaba Aristoteles bu kürelerin gerçekten varolduğuna inanıyor muydu? Elimizde buna ilişkin kesin bir kanıt bulunmamakla birlikte, geometrik yaklaşımı mekanik yaklaşıma dönüştürmüş olması, inandığı yönündeki görüşü güçlendirmektedir. De Caelo'da (Gökler Üzerine) yapmış olduğu en son belirlemelere göre, en dışta bulunan Yıldızlar Küresi, yani evreni harekete getiren ilk hareket ettirici, aynı zamanda en yüksek tanrıdır. Metafizik'te ise, Yıldızlar Küresi'nin ötesinde, sevenin sevileni etkilediği gibi gökyüzü hareketlerini etkileyen, hareketsiz bir hareket ettiricinin bulunduğunu söylemiştir. Öyleyse Aristoteles, yalnızca gökcisimlerinin tanrısal bir doğaya sahip olduğuna inanmakla kalmamakta, onların canlı varlıklar olduğunu da kabul etmektedir. Bu evrenbilimsel kuram, Fârâbî ve İbn Sinâ gibi Ortaçağ İslâm Dünyası'nın önde gelen filozofları tarafından da benimsenecek ve Kuran-ı Kerim'de tasvir edilen Tanrı ve Evren anlayışıyla uzlaştırılmaya çalışılacaktır. Aristoteles'e göre, Evren, Ayüstü ve Ayaltı Evren olmak üzere ikiye ayrılır; Yer'den Ay'a kadar olan kısım, Ayaltı Evren'i, Ay'dan Yıldızlar Küresi'ne kadar olan kısım ise Ayüstü Evren'i oluşturur. Bu iki evren yapı bakımından çok farklıdır. Ayüstü Evren ve burada yer alan gökcisimleri, eterden oluşmuştur; eterin, mükemmel doğası, Ayüstü Evren'e ezelî ve ebedî bir mükemmellik sağlar. Buna karşılık, Ayaltı Evren, her türlü değişimin, oluş ve bozuluşun yer aldığı bir evrendir. Burası, ağılıklarına göre, Yer'in merkezinden yukarıya doğru sıralanan dört temel öğeden, yani toprak, su, hava ve ateşten oluşmuştur; toprak, diğer üç öğeye nispetle daha ağır olduğu için, en altta, ateş ise daha hafif olduğu için, en üstte bulunur. Aristoteles'e göre, bu öğeler, kuru ve yaş ile sıcak ve soğuk gibi birbirlerine karşıt dört niteliğin bireşiminden oluşmuştur. Varlık biçimlerinin mükemmel olmaları veya olmamaları da Yer'in merkezine olan uzaklıklarına göre değişir. Bir varlık Yer'e ne kadar uzaksa, o kadar mükemmeldir. Bundan ötürü, merkezde bulunan Yer mükemmel olmadığı halde, merkeze en uzakta bulunan Yıldızlar Küresi mükemmeldir. Bu mükemmel küre, aynı zamanda Tanrı, yani ilk hareket ettiricidir. Aristo'nun bu ve diğer görüşleri orta çağ boyunca bir çok filozozu etkilemiş, ve daha sonraki dönemleri de şekillendirmiştir. belki de felsefenin temel ilkeleri Arsito mantığı üzerine kurgulanmıştır.